Eckert vẫn ở Triều Tiên, nhưng trong hoàn cảnh tồi tệ hơn nhiều do mất người bảo trợ hoàng gia. Tình hình của ông rất phức tạp do sức khỏe được cải thiện, và Chiến tranh thế giới thứ nhất bùng nổ và vào năm 1916, ông đã từ chức làm nhạc trưởng trong dàn nhạc của mình để ủng hộ nghệ sĩ thổi sáo đầu tiên, người mà ông đã đào tạo thành người kế vị. Eckert qua đời tại Seoul vì căn bệnh ung thư dạ dày ở tuổi 65. Ngôi mộ của ông nằm ở Yanghwajin, Hapjeong-dong, Mapo-gu, Seoul.